מערכת אינטראקטיבית חשוב בו הצמיחה, עיבוד הרכב מינים, התזונתי, פרודוקטיביות ביולוגי, ורכיבה אנרגיה זורם בין היבשה aquatic מיקרוביאלית, צמח, חיה בקהילות משולבות עם הסביבה. אלה המים היבשה כוללים אגמים מאגרי מים, נהרות, נחלים, ביצות. משמעת הכינוי לימנולוגיה מעריך כיצד קשרי גומלין אלה להסדיר אינן מווסתות על-ידי, טבעי, וריאציות שפורצת בסביבות פיזי, כימי, הביוטית. אגם (lentic) מים עומדים או המערכת האקולוגית של מאגר אינטימי משולבת עם הקרקע באזור הניקוז שלו ועם מימיו פועל (lotic) אשר משתנות הכימיים מהקרקע כאשר הם העבירו לאגם. לעתים קרובות ממשק מים אדמה תומך ביצות פרודוקטיבי, כלומר, באזורים של מים רדודים לעתים קרובות נמצא בקצה של אגמים (אזור המואץ) או לאורך הנהרות (שלגדות־הנהר).